Sam Witwicky (Shia LaBeouf) si schiera nuovamente al fianco degli Autobot contro i loro nemici giurati, i Decepticon. La battaglia sembrava finita al termine del primo episodio ma Starscream, ritornato a Cybertron per prendere il comando dei Decepticon, decide di tornare sulla Terra per stabilire quale sarà il destino dell'universo.